Hola, por lo que dices, parece un problema mas de impresión de estos *.pdf que no de la creación de estos. Yo me fijaria bien en las opciones cuando imprimes, por ejemplo que se impriman sin ninguna escala o que los estes imprimiendo ajustando a los margenes de impresora, todo esto vararia la escala de estos planos. (seguramente ya lo habras mirado bien, peró por si acaso)
Yo uso adobe y no he tenido nunca ningun problema ni al crear ni al plotear/imprimir todo tipo de formatos, impresora/plotter, peró siempre hay algun compañero que los imprime sin escala por culpa de lo que te he comentado antes.
Saludos,
Albert